Les soldats clones ont été créés pour servir la République. Seulement celle-ci ne se doutait pas que les Kaminoans avait construit une armée si puissante tant sur la puissance brute que sur la technique des combattants. Ce n'est que lorsque Obi-wan Kenobi se rendit sur Kamino que le conseil Jedi prit conscience de cette faction qui n'attendait qu'à se rallier à la République. C'est en se présentant comme un Jedi auprès du contrôle spatial de Kamino qu'Obi-wan est accueillit par l'assistante du Premier ministre. Connaissant l'importance économique de l'armée clone, Lama Su accueillit en personne le Jedi. Il croit que ceci est une inspection comme il pensait qu'Obi-wan refusait d'avouer l'existence de l'armée clone durant leur entretien pour être poli envers lui.

Obi-wan retransmit un message au Conseil Jedi dans lequel il stipulait que les Kaminoans avait construit une gigantesque armée. Le conseil en informa le Chancelier Suprême Palpatine qui sauta sur l'occasion pour accroître son pouvoir. Il savait qu'Amidala, la principale adversaire du projet de loi sur une armée pour la République, était remplacée par un Gungan porté au poste de Représentant Planétaire Associé au Sénat, mais qui n'avait aucune idée des manipulations du Chancelier. Quand celui-ci dit qu'Amidala aurait probablement accepté de lui donner les pleins pouvoirs, Jar Jar Binks le croit et donne les pouvoirs à Palpatine, croyant sauver la République de la cause séparatiste. Elevé à de plus hautes fonctions encore qu'auparavant, Palpatine ordonne la création d'une armée clone pour contrer les séparatiste et cette armée est celle des clones.

Elle fut envoyée sur Géonosis pour aider Obi-wan Kenobi, alors prisonnier du Comte Dooku et à la merci de la Confédération des Systèmes indépendants. Un contingent de Jedi fut également envoyé sur place. L'importance numérique de l'armée clone impressionna les Séparatistes qui ne s'attendaient pas à une force pareille. La bataille de Géonosis fait entrer la Galaxie dans une grande ère de guerre. L'armée clone est déployée contre les machines de la Confédération, droïdes araignées nains, droïdes araignée, tanks droïde, droïdes Hailfire, droïdes de combat et superdroïdes. Toutefois, malgré la puissance adverse, l'armée clone remporte la bataille. La Confédération a perdu sa première bataille dans sa lutte pour la chute de la République corrompue. D'autres batailles suivront comme celles de Jabiim, de Muunilinst, de Kamino ou de Raxus Prime.

L'armée clone sortira vainqueur à chacune de ces batailles et détruira encore un peu plus les forces des Séparatistes. La guerre des clones sera une victoire pour la République, mais pour peu de temps. Après cette guerre les clones sont interdits par le Sénat qui les juge trop dangereux pour une paix durable. Les fabriques de Kamino sont détruites et plus personne ne veut entendre à nouveau parler de clones.